Departamentul de Microbiologie Medicală este divizat organizațional în:
Centre naționale de referință:
- NRC pentru gripă,
- NRC pentru poliomielită,
- NRC pentru meningococi,
- NRC pentru morbilli, rubeolă și parotidită,
- NRC pentru monitorizarea rezistenței microorganismelor la antibiotice,
- NRC pentru salmoneloză,
- NRC pentru arbovirusuri și febră hemoragică.
Laboratoare specializate:
- Laboratorul de diagnostic molecular,
- Laboratorul de cultură celulară,
- Laboratorul de biosecuritate pentru biofactori 3
Departamentul de asigurare a activităților de laborator și sanitare
- Chitanță materială centrală,
- Pregătirea mediilor de cultură și a soluțiilor,
- Distrugerea materialului infecțios și pregătirea sticlăriei de laborator și a materialului medical pentru bacteriologie,
- Distrugerea materialului infecțios și pregătirea sticlăriei de laborator și a materialului medical pentru virologie,
- Lucrări sanitare în laboratoare și alte zone ale departamentului LM.