În anii 1990, martorii din fața anchetatorului, care se ocupau de furtul dosarelor secrete de la fostul sediu al sucursalei ŠtB din Trenčín, au mărturisit despre cooperarea lui Mečiar cu Serviciul de Securitate de Stat. Potrivit cotidianului, Mečiar bănuia că, după revoluția blândă, când a devenit ministrul slovac de interne, i s-au furat dosarele.
Mečiar ar fi adus-o la ŠtB într-un moment în care era avocat corporativ. Potrivit cotidianului, el era aproape de Dubček, simbol al unei încercări nereușite de relaxare a condițiilor sociale din Cehoslovacia la sfârșitul anilor 1960, prin prietenul său și cumnatul lui Dubček, Vladimír Krajči.
Cooperarea lui Mečiar cu ŠtB a fost speculată de la căderea comunismului în Cehoslovacia. Volumul despre Mečiar ca candidat la cooperarea secretă cu numele de cod Doktor a fost fondat în 1985. Cu toate acestea, din documentele păstrate nu este clar dacă Mečiar a cooperat cu poliția secretă în cunoștință de cauză. Potrivit cotidianului, persoana inclusă în categoria unui candidat la cooperare secretă nu trebuia să știe despre presupusa cooperare cu Serviciul de Securitate de Stat.
Mečiar, care nu mai este activ în politica înaltă, a susținut în mod repetat în trecut că nu a cooperat cu Serviciul de Securitate de Stat și că nu l-a adus pe Dubček.