În 2005, ultimul oponent al lui Rafael Nadal în primul triumf al Spaniei la Grand Slam Roland Garros, la scurt timp după aceea a avut o descoperire pozitivă a etilefrinei stimulante.
Puerta avea deja o istorie de dopaj și a fost amenințată cu o distanță de zece ani. Cu toate acestea, el s-a apărat susținând că substanța interzisă a pătruns în greșeală în corpul său când a băut dintr-un pahar cu apă în care soția sa avea medicamente pentru durerile menstruale. Curtea de Arbitraj pentru Sport (CAS) și-a redus pedeapsa la doi ani.
"Această explicație a fost o minciună. Dar nu am obținut niciun avantaj sportiv, pur și simplu nu am vrut ca oamenii să mă mai vadă ca un trișor". Argentinianul de 41 de ani a declarat pentru La Nacion. De fapt, la acea vreme, lua un supliment alimentar cu cofeină și ginseng, care conținea și urme de etilefrină: "Nu am putut face nimic pentru că nu am cumpărat pastilele, aș spune, legal. Avocații mei m-au sfătuit să ascund ce s-a întâmplat cu adevărat".
Noua versiune a evenimentelor a fost pusă la îndoială de fostul antrenor Puert, Andres Schneiter. "L-am întrebat despre ce este vorba și mi-a spus că nu știe. Știam că minte. Răspunsul lui nu mi s-a părut cinstit, am crezut că i-a plăcut neglijent." Schneiter a declarat pentru AFP. Puerta s-a întors în 2007 după expirarea distanței sale, încheind cariera doi ani mai târziu.