Examinarea histologică și histochimică a unei probe prelevate din intestinul subțire, deși precedată de obicei de examinarea serologică a transglutaminazei țesuturilor și a anticorpilor antiendomiziali atunci când este suspectată clinic, rămâne crucială pentru diagnosticul definitiv al bolii celiace. În majoritatea cazurilor, este suficientă o duodenoscopie profundă (aboral din papila Vater), care se poate face în timpul unei examinări gastrofibroscopice de rutină.
Boala celiacă creează o imagine histologică caracteristică în duoden, care se bazează pe proliferarea limfocitelor intraepiteliale și pe atrofia treptată a vilozităților. Cu toate acestea, ar trebui subliniat faptul că acestea nu sunt nicidecum patognomice. Orice inflamație pe termen lung determină atrofia vilozităților și limfocitoza intraepitelială apare într-un număr mare de alte unități de boală (cea mai frecventă cauză a așa-numitei limfocitoze intraepiteliale secundare în duoden este gastrita HP în antrum). În aceste cazuri (și în diagnosticul complicațiilor bolii celiace, în special a limfomului intestinal), colectarea din părțile mai distale ale intestinului subțire este indicată prin jejusoscopie (1).