Acolo, el a fost reținut de poliția austriacă pe baza unui mandat internațional de arestare emis pentru el în Germania în legătură cu cazul Technopol. Răpirea lui Michal Kováč Jr. a avut loc în atmosfera unei dispute culminante între prim-ministrul în funcție de atunci Vladimír Mečiar (HZDS) și Președintele Michal Kováč și cazul au marcat scena politică slovacă pentru următoarele decenii.
Anchetatorii la acea vreme au identificat membri ai Serviciului de Informații Slovac (SIS) sub conducerea fostului său director ca fiind autorii răpirii. În timpul anchetei, au avut loc mai multe schimburi de anchetatori și Michal Kováč Jr. a fost acuzat în Slovacia că a ajutat și a instigat la infracțiunea de înșelăciune. După întoarcerea fiului președintelui din Austria, ancheta asupra răpirii sale a fost suspendată din cauza lipsei de probe. Michal Kováč Jr. în Germania, unde a vrut să depună mărturie în cazul Technopol, pașaportul i-a fost confiscat la trecerea frontierei cu Austria.
În decembrie 1997, președintele Michal Kováč și-a iertat fiul. Urmărirea penală din Slovacia s-a oprit împotriva sa și a putut merge la o instanță germană, unde a fost eliberat pe cauțiune după o scurtă detenție. La sfârșitul mandatului său Michal Kováč Slovacia nu a ales un nou președinte. Puterile dobândite au fost folosite de premierul Vladimír Mečiar și amnistiate de autorii răpirii fiului președintelui.
După alegerile parlamentare din 1998, noul prim-ministru și vicepreședinte al Republicii Mikuláš Dzurinda (SDK) a decis să șteargă câteva articole din amnistia lui Mečiar și a permis poliției în cazul răpirii lui Michal Kováč Jr. continuă să lucrezi. Un grup de deputați HZDS s-a adresat Curții Constituționale, care a decis că nicio amnistie nu poate fi revocată sau schimbată. Ancheta răpirii de la acea vreme, care implica alte cazuri grave, a fost însoțită de o serie de urmăriri penale, reținerea foștilor oficiali ai SIS, acuzații specifice și ridicarea ulterioară a acestora.
Cazul Technopol pentru răpitul Michal Kováč Jr. s-a încheiat în februarie 2000, când un proces de șase ani a fost oprit de un tribunal din München, afirmând că nu ar putea fi așteptată condamnarea sa. Depozitul plătit a căzut în favoarea Germaniei. După mai multe încercări nereușite de a sparge amnistia lui Mečiar, aceasta a reușit la 5 aprilie 2017., când deputații Consiliului Național al Republicii Slovace, prin rezoluția lor, împreună cu harul fostului președinte Michal Kováč, pe care i l-a acordat fiului său, i-au anulat. 129 din cei 144 de deputați prezenți au votat în favoarea adoptării rezoluției revoluționare. Legiuitorii au fost de asemenea de acord că actele care au fost amnistiate nu vor fi prescrise. Conformitatea rezoluției aprobate cu Constituția Slovacă a fost confirmată de Curtea Constituțională la 31 mai 2017.
Cazul introducerii lui Michal Kováč Jr. ani mai târziu, a ajuns în străinătate în fața judecătorilor care urmează să decidă asupra ei. Fișierele aferente acestuia au zeci de mii de pagini.