Teritoriul geoparcului Branisko este inclus în două unități geomorfologice diferite, care formează un mediu unic din zonă în ceea ce privește structura geologică. Această zonă este formată din două formațiuni geologice de bază. Una este formarea paleogenului interior carpatic al lanțului muntos Bachureň, iar cealaltă este complexele cristaline, paleozoice și mezozoice din Munții Tatra și veporicul nordic al lanțului muntos Branisko.
Partea de nord-vest a zonei rezervate este construită de formațiunile paleogenului interior carpatic, care este format din gresii în predominanța argilelor non-calcaroase din formațiunea Bielopotok. Gresiile dintr-o astfel de formație constau în principal din gresii de măruntaie, arcoze și sporadic din gresii de calcar. Acestea creează bănci de 50 - 200 cm grosime. Acoperirile de oxizi de Mn și Fe apar adesea pe suprafețe stratificate și fisuri. Rămășițele unui flysch conglomerat, care este conglomerat și gresie, se află în partea de vest și ating o grosime maximă de 150 m.
